El Club Deportivo está compuesto por las siguientes secciones deportivas: fútbol, baloncesto, balonmano, pelota, judo, atletismo y escalada.
Estructura de coordinadores:
| Secciones deportivas | Nombres | Correo electrónico |
| Coordinador general | Arturo Navallas | arturonavallas@jesuitaspamplona.org |
| Coordinador de baloncesto | Miguel Pérez | baloncesto@jesuitaspamplona.org |
| Coordinador de balonmano | Daniel Aresté | balonmano@jesuitaspamplona.org |
| Coordinador de fútbol | Jon Plano | futbol@jesuitaspamplona.org |
| Coordinador de pelota | Hermanos San Miguel | pelota@jesuitaspamplona.org |
| Coordinador de atletismo | Club GANA | www.atletismogana.com |
| Coordinador de judo | Pedro Luis Gracia | judo@jesuitaspamplona.org |
| Coordinador de multideporte | Arturo Navallas | arturonavallas@jesuitaspamplona.org |
| APYMA Sección deportes | Ignacio Aramendía, Rafael Gómez, Juana Munarriz, Laura Mayor y Clara Jauregui | clubdeportivo@apymajesuitaspamplona.com |
El Club Deportivo San Ignacio pertenece a la asociación de clubes colegiales (ANACCOLDE)